Le général John Acosta recrute MacGyver. Il le charge de voler un projet hautement classifié d'un laboratoire militaire, afin de trouver des failles dans sa sécurité. Mais lorsqu'on découvre que le général planifiait une attaque, Phoenix doit l'arrêter avant que l'arme ne soit téléchargée. Pendant ce temps, MacGyver doit essayer de sauver la fille et le petit-fils du général, qui ont été kidnappés...