Après avoir cherché son père ainsi que Murdoc, son ennemi juré, Mac retrouve son équipe pour de nouvelles missions secrètes à travers le monde. Alors que le mystère autour de la disparition de son père demeure, Mac apprend qu’une personne haut placée de la Fondation sait quelque chose et lui ment depuis le début. Pendant ce temps, Murdoc continue de semer le chaos dans la vie de Mac.