Cuatro niños llamados Haruka, Makoto, Nagisa y Rin participaron en un torneo de natación poco antes de graduarse de la escuela primaria y luego se separaron. Años más tarde, se reencuentran cuando Rin desafía a Haruka a una carrera y gana. No queriendo ser derrotada tan fácilmente, Haruka reúne a Makoto y Nagisa y a un nuevo recluta llamado Rei para formar el Club de Natación de la Escuela Secundaria Iwatobi.