故事发生在宇宙世纪 0079 年 1 月 23 日,吉恩与地球联邦间一决雌雄的战争,终于在 SIDE 5 鲁姆爆发。在战争中被逼入绝境的吉恩,手中握有秘密武器。就是用人型兵器“MS”所组成的特别突击大队,让战况一举逆转并大获全胜。 当中,隶属吉恩军的夏亚・阿兹那布尔,驾驶着“扎古Ⅱ”立下战积并因此晋升为少校,更获得“红色彗星”的别名。而在鲁姆会战后,地球联邦军策画了对抗吉恩军的"V 作战"。远在 SIDE 7 的少年阿姆罗・雷,自行动身去找寻新兵器“敢达”的秘密。另一方面,在地球的南极大陆,吉恩及地球联邦两军间和平谈判的场合,某项声明却从月神二号向全世界发出……。