Frank Murphy får i uppdrag att testa militärens senaste vapen, Blue Thunder. Det är en högteknologisk helikopter som Frank blir väldigt imponerad av. Murphy och hans partner Lymangood litar inte på militären som gjort Blue Thunder. De kommer snart på att den oerhörda kraften i helikoptern ska användas som ett enormt vapen för övervakning och för att hålla uppsikt på folkmassor.