“Santuário das Sombras” conta a história de Alice, uma jovem com deficiência auditiva que, após uma suposta aparição da Virgem Maria, fica inexplicavelmente capaz de ouvir, falar e curar os doentes. À medida que a notícia se espalha e pessoas de perto e de longe reúnem-se para testemunhar os seus milagres, um jornalista desacreditado, que tenta fazer ressurgir a sua carreira, visita a pequena cidade de Nova Inglaterra para investigar o caso. Quando, por toda a parte, surgem acontecimentos aterradores, este jornalista começa a questionar se esses fenómenos serão obras da Virgem Maria ou de algo muito mais sinistro.