Emilia Clarke urodziła się w Londynie, a dorastała w Berkshire (Anglia, Wielka Brytania). Ojciec Emilii jest inżynierem dźwięku w teatrze, a matka bizneswoman. Ma też brata, który studiuje politologię. Zaczęła grać w wieku trzech lat po obejrzeniu musicalu "Show Boat", przy którym pracował jej ojciec. Uczyła się w St Edward's School (2000-2005) i Rye St Antony School w Oxfordzie (Anglia, Wielka Brytania), a później studiowała w Drama Centre London (Anglia, Wielka Brytania), które ukończyła w 2009 r. Pierwszą rolę otrzymała w jednym z odcinków "Lekarzy". Jej kolejnym angażem był film dla kanału SyFy "Atak dinozaurów". Przełom nastąpił jednak, kiedy została obsadzona w "Grze o Tron" kanału HBO jako Daenerys Targaryen. W 2011 r. otrzymała Ewwy Award dla najlepszej aktorki drugoplanowej w serialu dramatycznym "Gra o Tron". Dwa lata później zagrała na Broadwayu w adaptacji sztuki Trumana Capote "Śniadanie u Tiffany'ego".