In de nabije toekomst wordt de wereld geregeerd door de Smart Brain Corporation, waarbij 90% van de bevolking uit Orphnoch bestaat, en het eens zo prominente menselijke ras staat op het punt van uitsterven. Takumi Inui, Kamen Rider Faiz, werd ooit beschouwd als de redder van de mensheid totdat hij bij een aanval door Smart Brain-troepen vermoedelijk dood was. Sindsdien hebben menselijke rebellengroepen aanvallen op het Smart Brain-complex uitgevoerd in een poging de uiterst geheime Emperor Belts te stelen, zonder succes. Kiba Yuji, Naoya Kaido en Yuka Osada proberen de spanningen tussen beide rassen te verminderen, maar hun vredesbijeenkomst wordt onderbroken door Smart Brain-troepen en hun nieuwste krijger, Kamen Rider Psyga. Takumi, die denkt dat hij een jonge schoenmaker is genaamd Takeshi, krijgt zijn geheugen terug en wordt weer Kamen Rider Faiz om de zaken voor eens en voor altijd met Smart Brain te regelen.